Prijepolje se nalazi na ušću brzaka u Lim i Mileševku. Takođe se nalazi duž puta od Beograda do Jadranskog mora, kao i zaustavljanje na pruzi Beograd – Bar. Put Beograd – Jadran ovde se preseca sa regionalnim putem između Pljevalja, Prijepolja i Sjenice. Ovaj regionalni put slijedi približno istu trasu kao i stari rimski i osmanski put poznat kao Dubrovački put. Severno od Prijepolja, kod Bistrice, vodi put koji vodi prema Priboju, Višegradu i Sarajevu. Prijepolje je okruženo brdima kao što su Pušina, Srijeteži, Gradina i Sokolica, koja su, pre izgradnje hidroelektrane “Potpeć” kod Nove Varoši, stvorila jedinstvenu klimu oko opštine. Od izgradnje hidroelektrane klima Prijepolja je promenjena u klimu koja je tipična za ovaj hladni deo Srbije. Najviši vrh prijepoljskog područja je Katunić, koji dostiže 1.734 metra nadmorske visine.
